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Jean Paul Vuillemin (* 13. Februar 1861 in Docelles; † 29. Juni 1932 in Malzéville) war ein französischer Mykologe. Sein offizielles botanisches Autorenkürzel lautet „Vuill.“
Vuillemin studierte Medizin an der Universität Nancy und wurde dort 1884 zum Dr. med. promoviert. Von 1895 bis 1932 war er Professor für Naturgeschichte an der medizinischen Fakultät der Universität Nancy. Nach Vuillemin sind mehrere Sippen von Pilzen benannt worden, so die Gattung der Rindensprenger (Vuilleminia).
Vuillemin hat die Gattungen der Jochpilze Spinalia und Zygorhynchus beschrieben. Bereits 1889 hat er auch erstmals das Konzept der Antibiose formuliert, das 1942 von Selman Abraham Waksman bei dessen Einführung der Bezeichnung Antibiotikum aufgegriffen wurde.
Vuillemin wurde 1913 zum korrespondierenden Mitglied der Académie des sciences (Botanische Sektion) gewählt.